免疫共沉淀

基于抗原-抗体特异性结合，用于研究天然状态下蛋白质相互作用的经典方法

1.细胞裂解获取目的蛋白溶液

2.预纯化与抗体孵育

3.免疫沉淀富集蛋白与洗杂

4.洗脱互作复合体与分析(WB或质谱检测)

生理条件下检测内源性互作，真实可靠，可分离多组分蛋白复合物

灵敏度限制可能无法检测低亲和力或瞬时的相互作用，需高质量抗体，可能产生假阳性，裂解条件需优化以避免破坏互作

Pull-down 实验

重组蛋白（如GST标签蛋白）作为”诱饵”捕获结合蛋白

1.GST Pull-down          2.His标签Pull-down

验证体外直接相互作用

有活性的目的蛋白难表达获得，不是生理条件下检测可能存在假阴性

酵母双杂交系统

转录因子拆分后通过蛋白互作重建活性

高通量筛选互作蛋白

限于核内蛋白，存在假阳性/阴性

荧光共振能量转移（FRET）

荧光共振能量转移（Fluorescence Resonance Energy Transfer, FRET）是一种基于非辐射能量传递的分子间相互作用检测技术，需荧光标记蛋白

可检测距离<10nm的相互作用，可实时观测活细胞动态，无需破碎细胞，保留天然构象与翻译后修饰状态

供受体发射光谱重叠导致假阳性，结果受表达水平、局部pH等因素影响，荧光蛋白体积可能干扰目标蛋白功能  

生物膜干涉技术（BLI）

基于白光干涉原理，通过检测传感器表面生物膜层厚度变化来实时监测分子相互作用

无需荧光/同位素标记，保留分子天然构象，可定量分析结合动力学，可直接检测粗提液、血清等复杂样本

小分子（<150Da）信号较弱，需高浓度样本，抗原多聚化导致假阳性（如三明治法需单体抗原），固相化可能改变配体构象，专用传感器耗材价格较高